明代洪武年间，县内居民多元末土著，行政区划设置里甲。永乐年间，徙直隶、川陕等地居民来长清县定居后，行政区划实行仓里制。清代沿袭明制，至道光年间，全县划为4仓44里，辖1018个村庄。

    民国成立后，1921年划全县为10个区71里，辖912个村庄。民国20年（1931年）取消里制，旧区名称改为第一至第十区，区内村庄划分为乡镇闾邻，共有31镇、184乡、3618闾、17377邻。民国23年（1934年），全县划为10个区、184个乡、31个镇。

    1939年6月，成立长清县抗日民主政府后，辖12个区。1941年，为适应抗日战争的需要，划长清为峰山、长清两县。黄河以东的峰山县，划为峰山第一至第八区，耀南区（1940年6月成立，1941年12月撤消）和第十区。抗日战争胜利后，于1946年改峰山县为长清县，改长清县为河西县，长清县的区域范围与原峰山县相同。

    1949年，中华人民共和国成立后，长清县划为11个区、94个乡。1950年，长清、河西两县合并统称长清县，全县划为17个区，黄河以东划为第一至第八区和第十七区9个区；黄河以西划为第九至第十六区8个区。1952年11月，并17个区为15个区。1956年，将长清县所属黄河以西1个区，划归齐河县，全县改为1个镇、11个区、94个乡。1957年调整为1个镇52个乡。1958年，将全县改划为18个乡镇。同年，人民公社化运动中，取消乡镇成立人民公社，全县设10个人民公社。1959年2月，张夏、崮山两公社合并为张夏公社，全县设9个公社。1959年10月，撤消长清县，原孝里公社划属平阴县，双泉、马山、五峰公社划属平阴县，其余各公社划入历城县。1961年5月，恢复长清县建制。1962年，五峰、马山两公社合并为马山公社，全县共设8个公社。1976年8月，恢复崮山公社和五峰公社，全县共设10个公社。1982年2月，将全县划为1个镇9个人民公社。

    1984年2月，撤销人民公社，全县划为9个区、1个区级镇、31个乡、5个乡级镇、610个村民委员会、743个自然村。1985年，区划调整时，设立武家庄乡，全县划为7个镇、4个乡，共有611个行政村。

    1995年4月，撤消马山乡、五峰山乡，同时设立马山镇、五峰山镇，全县共辖9镇、2乡、613个行政村。

 2001年6月26日，撤消长清县，设立济南市长清区，辖长清、平安店、归德、孝里、马山、五峰山、万德、张夏、崮山9镇和双泉、武家庄2乡、613个行政村。

2003年11月，撤消长清、平安店、崮山、五峰山四镇，同时成立文昌、平安、崮山、五峰四个街道办事处。2005年12月，万德镇、武家庄乡合并为万德镇。目前，全区共设有四个街道办事处，五个镇和一个乡，分别是：文昌街道办事处、平安街道办事处、崮山街道办事处、五峰街道办事处、归德镇、孝里镇、马山镇、张夏镇、万德镇和双泉乡。